1、净水用；这是绝大多数芽孢杆菌的使用情况，也是最常见的！枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，能够分解各种有机质，综合净化水环境，改善不良水质。

2. 内服使用；即添加到饲料中给水产动物食用，其实很多很多内服制剂以及饲料中也添加芽孢制剂。可以改善鱼虾蟹的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。主要是靠芽孢杆菌的占位效应，还有就是能够产生有益代谢产物。

高密度集约化养殖给养殖池塘生态环境带来了严重的污染,研究表明,池塘每生产1吨虹鳟池塘总磷和总氮的负载分别为25.6kg和124.2kg。

过量的N、P排入水体引起池塘富营养化,在池塘内也易形成对水产动物有毒性的NH4+-N、H2S,影响动物的生长,甚至死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶,强烈分解氮系、硫系污染物,净化养殖水体。应用芽孢杆菌为主导菌的复合微生态制剂,含活菌数为109个/g,首次用量为1.5~5.0mg/L,结果增加溶解氧(DO),降低NH4+-N、NO2--N及H2S,改善了养殖环境,池水和底沙中的异养细菌数量明显增加。

硝酸根离子在芽孢杆菌作用下,经亚硝酸根离子,一氧化氮,一氧化二氮被还原为氮气,即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌,以分子氧为载体,在供氧不充分的时间与空间,可以利用硝酸盐为最终电子载体产生氮氧化合和氮气,而起反硝化作用,将硝酸盐移出系统外,提高pH。

枯草芽胞杆菌的分布非常广泛，土壤、湖泊、海洋、动植物体表及其栖息地皆能发现。枯草芽胞杆菌能产生维生素等营养物质。

枯草芽胞杆菌在生长繁殖过程中能够产生B1 、B2、 B6等B族维生素和维生素C、维生素K2，为水产动物提供维生素营养。

枯草芽胞杆菌生命力极强，代谢旺盛，能在水体中迅速繁殖，并产生大量的胞外酶类，从而大量消耗池塘中的残饵和动物排泄物等大分子有机质。大分子有机物被分解为小分子的有机酸、氨基酸等物质。能为水体中光合细菌、藻类以及其他浮游生物提供营养，枯草芽胞杆菌使之产生良好的微生态环境。并且，芽胞杆菌适合于工业化大规模生产，技术成熟，生产稳定．产量高，周期短。尤其是芽胞的休眠体耐酸碱、耐干旱高温可以长期贮存。

枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开增氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少。使用前最好活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7～10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。