1、净水用；这是绝大多数芽孢杆菌的使用情况，也是最常见的！枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，能够分解各种有机质，综合净化水环境，改善不良水质。

2. 内服使用；即添加到饲料中给水产动物食用，其实很多很多内服制剂以及饲料中也添加芽孢制剂。可以改善鱼虾蟹的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。主要是靠芽孢杆菌的占位效应，还有就是能够产生有益代谢产物。

高密度集约化养殖给养殖池塘生态环境带来了严重的污染,研究表明,池塘每生产1吨虹鳟池塘总磷和总氮的负载分别为25.6kg和124.2kg。

过量的N、P排入水体引起池塘富营养化,在池塘内也易形成对水产动物有毒性的NH4+-N、H2S,影响动物的生长,甚至死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶,强烈分解氮系、硫系污染物,净化养殖水体。应用芽孢杆菌为主导菌的复合微生态制剂,含活菌数为109个/g,首次用量为1.5~5.0mg/L,结果增加溶解氧(DO),降低NH4+-N、NO2--N及H2S,改善了养殖环境,池水和底沙中的异养细菌数量明显增加。

芽孢杆菌有很好的絮凝作用,且复合芽孢菌株比单株芽孢杆菌的絮凝效果好。

这种絮凝作用可以将水体中的有机碎屑互相粘连在一起,构成菌胶团,担负氧化分解的任务,将有机物结合成絮状,使重金属离子、P元素沉淀,水体净化。

芽孢杆菌具有强烈的分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物,分解蛋白质、复杂多糖、水溶性有机物的能力,已被广泛应用。

芽孢杆菌可以净化养殖水体环境，芽孢杆菌产生的氯基氧化酶可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度。苷孢杆菌具有很强的蛋白酶、淀粉酶等，可以降解饲料中的某些抗营养因子，提高饲料转化率。芽孢杆菌在肠道内繁殖，可以产生维生素、氨基酸、未知生长因子等营养物质，促进水产类动物生长。

枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨。

枯草芽孢杆菌改善水质，为单胞藻提供营养，还可使肠道PH及氨浓度降低，净化水质。

在水体中使用枯草芽孢杆菌制剂后，对养殖水体的溶氧和PH无明显影响，但对氨氮、亚硝酸盐和硫化物均有大幅度降低。

在蟹池和鱼池中分别加入枯草芽孢杆菌作为水质改良剂发现，其对池塘氨氮、亚硝酸盐氮和硫化物有明显的降解作用。

最大降解峰值出现在3～4 d，有效时间持续超过7 天。

枯草芽孢杆菌能明显净化水质，降低虾池中的COD、亚硝酸氮和氨氮。

试验表明，只有当枯草芽孢杆菌B115浓度超过1 000 mg／kg时，可能因为菌体耗氧及培养基在水体中的氧化作用导致鱼缺氧而死。

因此，作为水质改良剂可视水质情况每7 d泼洒全池1次，使用后及时开增氧机，以保证达到最好的使用效果。

枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开增氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少。使用前最好活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7～10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。