7月19日起深圳4号线周末日间行车间隔将压缩至4分钟
深圳北地铁站为4号线、5号线、6号线三线的换乘站，其停运时间会因为线路的不同而有所区别。其开往4号线两端车于23:32停运，开往5号线赤湾方向的车于23:29停运，开往5号线黄贝岭方向的车于00:02停运，开往6号线科学馆方向的车于23:53停运，开往6号线松岗方向的车于23:18停运。
*以上数据仅供参考，具体时间以地铁实际运营为准。
运营时刻表(工作日)
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 福田口岸 | 06:17 | 23:32 | 4号线 | -- | -- |
| 牛湖 | 06:49 | 23:32 | 4号线 | -- | -- |
| 赤湾 | 06:07 | 23:29 | 5号线 | 3分钟 | 5分25秒 |
| 黄贝岭 | 05:40 | 00:02 | 5号线 | 3分钟 | 5分25秒 |
| 科学馆 | 06:26 | 23:53 | 6号线 | 3分24秒 | 6分20秒 |
| 松岗 | 06:03 | 23:18 | 6号线 | 3分24秒 | 6分20秒 |
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 福田口岸 | -- | -- | 4号线 | -- | -- |
| 牛湖 | -- | -- | 4号线 | -- | -- |
| 赤湾 | 06:25 | 23:32 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 黄贝岭 | 06:06 | 23:49 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 科学馆 | 06:34 | 23:53 | 6号线 | 4分45秒 | 6分钟 |
| 松岗 | 06:03 | 23:18 | 6号线 | 4分45秒 | 6分钟 |
运营时刻表(节假日)
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 福田口岸 | -- | -- | 4号线 | -- | -- |
| 牛湖 | -- | -- | 4号线 | -- | -- |
| 赤湾 | 06:25 | 00:32 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 黄贝岭 | 06:06 | 00:49 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 科学馆 | 06:34 | 00:53 | 6号线 | 4分45秒 | 6分钟 |
| 松岗 | 06:03 | 00:18 | 6号线 | 4分45秒 | 6分钟 |
