纳米膜好氧堆肥发酵系统装置的高温阶段当肥堆温度上升到45℃以上时，即进入高温阶段。通常从堆积发酵开始，只须2-3天时间肥堆温度便能迅速地升高到55℃，1周内堆温可达到高值(稳定可达80℃)。嗜温性微生物受到抑制，嗜热性微生物逐渐取而代之。除前一阶段残留的和新形成的可溶性有机物继续分解转化外，半纤维素、纤维素、蛋白质等复杂有机物也开始强烈分解。在50℃左右进行活动的主要是嗜热性真菌和放线菌;温度上升到60℃时，真菌几乎停止活动，有嗜热性放线菌和细菌活动;温度上升到70℃以上时，大多数嗜热性微生物已不适宜，微生物大量死亡或进入休眠状态。此时，产生的热量减少，堆温自动下降。当堆温降至70℃以下时，处于休眠状态的嗜热性微生物又重新活动，继续分解难分解的有机物，热量又增加，堆温处于一个自然调节的、延续较久的高温期。高温对于发酵的快速腐熟起到重要作用，在此阶段中发酵内开始了腐殖质的形成过程，并开始出现能溶解于弱碱的黑色物质。C/N比明显下降，肥堆高度随之降低。通过高温能有效杀灭有机废弃物中病原物，要求发酵温度达50-55℃以上，持续5-7天。

纳米膜好氧堆肥发酵系统装置在产热阶段(中温阶段，升温阶段)发酵初期(通常在1-3天)，肥堆中嗜温性微生物利用可溶性和易降解性有机物作为营养和能量来源，迅速增殖，并释放出热能，使肥堆温度不断上升。此阶段温度在室温至45℃范围内，微生物以中温、需氧型为主，通常是一些无芽胞细菌。微生物类型较多，主要是细菌、真菌和放线菌。其中细菌主要利用水溶性单糖等，放线菌和真菌对于分解纤维素和半纤维素物质具有特殊的功能。

纳米膜好氧堆肥发酵系统装置覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度，指标见表5。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。

纳米膜好氧堆肥发酵系统装置覆膜发酵过程可选用参数控制、节点控制等控制方式，参数控制方式宜选择温度-氧气浓度联动控制，节点控制方式可选择时间节点控制、温度节点控制以及时间-温度节点联动控制。

纳米膜好氧堆肥发酵系统装置投入少、成本低：占地面积小：处理200m3畜禽粪便的发酵区占地面积小于140㎡;基建量少：与其他堆肥方式相比，不需要防雨设施等;设备投入少，生产成本低，

纳米膜好氧堆肥发酵系统装置灵活简便、易操作、实用性强：场地简单，无需建厂房，可露天使用;操作简便、易学习掌握;简便灵活、易移动，可多点使用。免翻抛、省工省时，自动化运行，不需专人看管。发酵周期短，一般为20天。