食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

根据国家关于食品/饮料的生产许可细则，对于食品/饮料的洁净生产车间的环境进行控制达到十万级空气净化标准，食品饮料净化车间房间过大，清扫和消毒不便;过小，操作不便;顶部过高会影响紫外线的有效灭菌效果。墙壁应光滑无死角，以便清洗和消毒。食品/饮料无菌洁净车间应为密闭式并保持车间静压差为正压，设置空气消毒用的紫外线灯、空气过滤净化器和恒温装置。

食品饮料净化车间工程-洁净车间成本随清洁要求而不同。几乎没有ISO 3级和4级(1和10级)装置。ISO 5级(100级)洁净室成本是ISO 6级(1,000级)洁净室的两倍。成本随清洁要求的降低(见表2)而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了ISO 5级(100级)空间。真正经常使用ISO 5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，iwuchen建议根据区域而进行的空间划分对更高级影响很大。

食品饮料净化车间使用隔离器可降低超净装置的安装和运行成本，延长产品储存期。最普遍和频繁应用的是产品在无菌条件下配料、切片、填装和传送。 隔离器可以用在消毒生产线、试验装置和R&D实验室里。最直接受影响的领域是易腐的饮料、奶制品、冷肉和海鲜、半成品菜、面包房和糕饼，以及鲜品的包装。

糖果工业采用了食品饮料净化车间技术。新的、越来越复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境的需求(温度、湿度、细菌的水平，等等)，以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。半导体工业和医药工业已经越来越多地使用隔离器以提供ISO 4级(10级)或者更好的局部环境。

通过食品饮料净化车间技术进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。无菌产品已经占领了单包装(250毫升 )果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。