目前,可利用的芽孢杆菌有:枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、缓慢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、环状芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、坚强芽孢杆菌、东洋芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、芽孢乳杆菌、丁酸梭等。

枯草芽孢杆菌在代谢过程中还产生一种具有抑制或杀死它种微生物的枯草杆菌素，从而来改善水质。芽孢杆菌在繁殖过程中分泌大量的淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶,能迅速降解鱼虾残留饵料和排泄物，在池内其他微生物的共同作用下,大部分进一步分解为水和二氧化碳,小部分成为新细胞合成的物质,从而净化水体。

芽孢杆菌具有丰富的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶、脱氢酶、脱羧酶、氧化酶等能强烈的分解碳系污染物,分解蛋白质和复杂多糖,对水溶性有机物分解也有重要的作用。

养殖池塘内的悬浮物(简称“絮团”)和底泥严重恶化了水环境,引起动物发病。其中悬浮物由有机碎屑、细菌、藻类和矿物质等细微颗粒组成的胶粘状物;底泥由有机碎屑、细菌和藻类组成,含纤维素15%~60%,半纤维素10%~30%,木素5%~30%和蛋白质2%~15%,还含有可溶性物质如糖、氨基糖、有机酸和氨基酸,占干物质重的10%。而芽孢杆菌通过其酶的作用,能分解悬浮物和底泥,从而维持水生生态环境平衡。把芽孢杆菌(菌液浓度≥1010个/g)投入养殖池,能降低水中COD、BOD,有效改善水质和周围环境。

硝酸根离子在芽孢杆菌作用下,经亚硝酸根离子,一氧化氮,一氧化二氮被还原为氮气,即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌,以分子氧为载体,在供氧不充分的时间与空间,可以利用硝酸盐为最终电子载体产生氮氧化合和氮气,而起反硝化作用,将硝酸盐移出系统外,提高pH。

芽孢杆菌具有强烈的分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物,分解蛋白质、复杂多糖、水溶性有机物的能力,已被广泛应用。

芽孢杆菌可以净化养殖水体环境，芽孢杆菌产生的氯基氧化酶可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度。苷孢杆菌具有很强的蛋白酶、淀粉酶等，可以降解饲料中的某些抗营养因子，提高饲料转化率。芽孢杆菌在肠道内繁殖，可以产生维生素、氨基酸、未知生长因子等营养物质，促进水产类动物生长。

枯草芽孢杆菌作为水产微生物饲料添加剂的菌株，在生产中的应用比光合细菌、硝化细菌、乳酸菌等菌株晚。、

随着近几年在水产养殖中的应用实践，枯草芽孢杆菌类微生物饲料添加剂充分显示出以下几方面优势。

枯草芽孢杆菌稳定性好、抗性强，具有耐高温、耐酸碱、耐挤压等特点。

枯草芽孢杆菌在工业生产制粒过程中以及通过养殖动物酸性胃环境时均能保持高度稳定性。

芽孢一旦形成，便能耐受各种不利条件，如干热、湿热、紫外线、射线、强酸、强碱、有机溶剂、真空干燥、氧化作用等。

枯草芽胞杆菌的生物学性质与作用机理，枯草芽胞杆菌是一种短杆状、无荚膜能运动的革兰氏阳性细菌，能产生中生芽胞。