食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

根据国家关于食品/饮料的生产许可细则，对于食品/饮料的洁净生产车间的环境进行控制达到十万级空气净化标准，食品饮料净化车间房间过大，清扫和消毒不便;过小，操作不便;顶部过高会影响紫外线的有效灭菌效果。墙壁应光滑无死角，以便清洗和消毒。食品/饮料无菌洁净车间应为密闭式并保持车间静压差为正压，设置空气消毒用的紫外线灯、空气过滤净化器和恒温装置。

食品饮料净化车间隔离器提供无菌环境，保护产品使其免受来自环境和操作者的污染，免受病原微生物和变异微生物的侵害。使用隔离器意味着不用借助于传统的防腐工艺就可以生产出自然的、无防腐剂的产品，因此，质地和产品的味道都不会受影响。

糖果工业采用了食品饮料净化车间技术。新的、越来越复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境的需求(温度、湿度、细菌的水平，等等)，以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。半导体工业和医药工业已经越来越多地使用隔离器以提供ISO 4级(10级)或者更好的局部环境。

酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操作中必须控制环境污染。采用食品饮料净化车间技术进行封闭式填装作业，天花板上安装HEPA过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。

食品饮料净化车间的通风空气净化设备需要应用专业的送风/回风/排风系统，不断的循环和提供新风和排出净化车间内受污染空气。若采用机械通风时，换气量应大于3次/小时;若采用自然通风，那么通风的面积与车间地面面积之比不能小于1：16，用以达到生产环境所需的洁净度。