食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

食品饮料净化车间使用隔离器可降低超净装置的安装和运行成本，延长产品储存期。最普遍和频繁应用的是产品在无菌条件下配料、切片、填装和传送。 隔离器可以用在消毒生产线、试验装置和R&D实验室里。最直接受影响的领域是易腐的饮料、奶制品、冷肉和海鲜、半成品菜、面包房和糕饼，以及鲜品的包装。

糖果工业采用了食品饮料净化车间技术。新的、越来越复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境的需求(温度、湿度、细菌的水平，等等)，以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。半导体工业和医药工业已经越来越多地使用隔离器以提供ISO 4级(10级)或者更好的局部环境。

通过食品饮料净化车间技术进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。无菌产品已经占领了单包装(250毫升 )果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。

净化车间可以影响产品的品质，例如光感应胶片、电子器件、实验试剂、精密电子仪表和微型电机等产品，要是被粉尘污染，就会降低产品质量乃至报废。在食品加工业中，食品饮料净化车间如果存在微生物会减短保质期，降低产品品质。

食品饮料净化车间的好坏会影响生产效率：一方面，优良的环境不仅可以保障生产加工人员的身心健康，而且可以提高他们的工作心情和工作激情;另一方面，优良的环境可以确保生产的顺利开展，提升产品的合格率。

食品饮料净化车间窗户玻璃应使用不易碎材料。若使用普通玻璃，应采取必要的措施防止玻璃破碎后对原料、包装材料及食品造成污染。窗户如设置窗台，其结构应能避免灰尘积存且易于清洁。可开启的窗户应装有易于清洁的防虫害窗纱安装设计要求，有效防止杂物，蚊虫等污染。