食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

食品饮料净化车间建筑平面设置应该属建筑专业的专业范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度，因此，各净化操作间集中设置独立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。

食品饮料净化车间工程-洁净车间成本随清洁要求而不同。几乎没有ISO 3级和4级(1和10级)装置。ISO 5级(100级)洁净室成本是ISO 6级(1,000级)洁净室的两倍。成本随清洁要求的降低(见表2)而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了ISO 5级(100级)空间。真正经常使用ISO 5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，iwuchen建议根据区域而进行的空间划分对更高级影响很大。

如今的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工包装中经常用到无菌处理。在需要准备许多食物的地方利用食品饮料净化车间技术是有好处的，以及必要的加热和冷藏设施。通过4个主要加热和通风系统可输送高达每分钟130,000立方英尺的过滤效率为95%的空气，每小时换气15到20次。

食品饮料净化车间窗户玻璃应使用不易碎材料。若使用普通玻璃，应采取必要的措施防止玻璃破碎后对原料、包装材料及食品造成污染。窗户如设置窗台，其结构应能避免灰尘积存且易于清洁。可开启的窗户应装有易于清洁的防虫害窗纱安装设计要求，有效防止杂物，蚊虫等污染。

食品饮料净化车间面临的食品安全隐患重重，对于食品企业参照GMP执行势在必行，也是食品企业改善环境，务求满足消费者的更高要求的工作之一。一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。