食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

通过食品饮料净化车间技术进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。无菌产品已经占领了单包装(250毫升 )果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。

食品饮料净化车间窗户玻璃应使用不易碎材料。若使用普通玻璃，应采取必要的措施防止玻璃破碎后对原料、包装材料及食品造成污染。窗户如设置窗台，其结构应能避免灰尘积存且易于清洁。可开启的窗户应装有易于清洁的防虫害窗纱安装设计要求，有效防止杂物，蚊虫等污染。

食品饮料净化车间面临的食品安全隐患重重，对于食品企业参照GMP执行势在必行，也是食品企业改善环境，务求满足消费者的更高要求的工作之一。一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。

食品厂车间净化需要严加的控制车间内的噪音。例如选择低噪声的生产设备和动力设备;设备老化或出故障后噪音增加，须对设备定期进行保养和维修，更换磨损、松动的零部件;速度过快或振动频率过高都会导致噪音，尽可能使用低速机器，采取可行的减振降噪措施，在设备的进气口或排气口加装进气或排气消声器。

食品饮料净化车间一般采用密闭空间结构，合理的气流分布和合理的压差，可使微环内达到所需的空气洁净度水平，密闭空间结构，合理的气流分布和合理的压差，可使微环内达到所需的空气洁净度水平，加工易腐易变质产品的车间应具备空调设施，肉类和水产品加工车间的温度在夏季应不超过15℃~18℃，肉制品的腌制间温度应不超过4℃。