枯草芽孢杆菌在代谢过程中还产生一种具有抑制或杀死它种微生物的枯草杆菌素，从而来改善水质。芽孢杆菌在繁殖过程中分泌大量的淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶,能迅速降解鱼虾残留饵料和排泄物，在池内其他微生物的共同作用下,大部分进一步分解为水和二氧化碳,小部分成为新细胞合成的物质,从而净化水体。
硝酸根离子在芽孢杆菌作用下,经亚硝酸根离子,一氧化氮,一氧化二氮被还原为氮气,即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌,以分子氧为载体,在供氧不充分的时间与空间,可以利用硝酸盐为最终电子载体产生氮氧化合和氮气,而起反硝化作用,将硝酸盐移出系统外,提高pH。
枯草芽胞杆菌的分布非常广泛，土壤、湖泊、海洋、动植物体表及其栖息地皆能发现。枯草芽胞杆菌能产生维生素等营养物质。
枯草芽胞杆菌在生长繁殖过程中能够产生B1 、B2、 B6等B族维生素和维生素C、维生素K2，为水产动物提供维生素营养。
枯草芽胞杆菌生命力极强，代谢旺盛，能在水体中迅速繁殖，并产生大量的胞外酶类，从而大量消耗池塘中的残饵和动物排泄物等大分子有机质。大分子有机物被分解为小分子的有机酸、氨基酸等物质。能为水体中光合细菌、藻类以及其他浮游生物提供营养，枯草芽胞杆菌使之产生良好的微生态环境。并且，芽胞杆菌适合于工业化大规模生产，技术成熟，生产稳定．产量高，周期短。尤其是芽胞的休眠体耐酸碱、耐干旱高温可以长期贮存。
