鱼类水霉病主要发生于因寄生虫寄生，拥挤、移动或其他不良环境因素的影响，造成体表组织受伤，被水体中的水霉菌游离孢子附着，在坏死组织上开始发芽形成菌丝，菌丝除寄生于坏死组织外，尚可漫延侵入附近的正常组织，分泌消化酵素分解周围组织，更而贯穿真皮深入肌肉，使皮肤与肌肉坏死崩解。表层的菌丝则向外延伸，形成如棉絮状的覆盖物，并于末端形成孢子囊，放出游离孢子到水中，经由水而传播各处。

水杨酸又名柳酸，化学名称是邻羟基苯甲酸，是含有石碳酸环的环形结构物。存在于自然界的柳树皮、白珠树叶及甜桦树中。在医药方面，水杨酸具有抗真菌、止痒及溶解角质作用。在鱼体表感染真菌时，水杨酸可软化角质层，角质层脱落时，也将菌丝同时脱落。水杨酸防治水霉病的原理是：在鱼体表感染水霉菌时，水杨酸可软化病变部位的角质层，导致角质层脱落，也将菌丝同时脱落。水杨酸不能杀死真菌，也不能直接抑制真菌繁殖。因此水杨酸用于水霉病的预防效果不明显，水杨酸仅在发生水霉病，看到菌丝（白毛）时才有效果。水杨酸主要协助其他抗真菌药物的穿透，水杨酸类药物应复配抗真菌药物使用效果更理想。

水霉菌感染初期 ，如果是外伤引起，大多是赤皮病并发水霉病，菌丝主要向内生长，深入伤口的肌肉中，因此肉眼看不到鱼有明显变化。随着菌丝不断增生，分泌出蛋白分解酶，分解鱼肌肉中的蛋白质，作为自身生长的营养。之后吸收了鱼体大量营养物质的菌丝，才开始向外生长，在伤口周围形成肉眼可见的棉絮状外菌丝。到了这个阶段，基本也就到了水霉病的中晚期了，这个阶段在低温时节水霉菌有时“隐藏”一两月之久才显现。菌丝和鱼伤口组织粘连在一起，鱼体组织进一步坏死，造成鱼游动失常，食欲不振或拒食，身体消瘦，最终会因多器官衰竭而死亡。