食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等;缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通;操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。食品饮料净化车间实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。

食品饮料净化车间建筑平面设置应该属建筑专业的专业范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度，因此，各净化操作间集中设置独立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。

食品饮料净化车间使用隔离器可降低超净装置的安装和运行成本，延长产品储存期。最普遍和频繁应用的是产品在无菌条件下配料、切片、填装和传送。 隔离器可以用在消毒生产线、试验装置和R&D实验室里。最直接受影响的领域是易腐的饮料、奶制品、冷肉和海鲜、半成品菜、面包房和糕饼，以及鲜品的包装。

在使用了食品饮料净化车间技术后，在啤酒方面，可改进感官特性，例如香气味风格和新鲜度。还可提高多数产品的稳定性，延长储存期。而用于果汁，则避免了象管道巴式消毒法那样受到长时间高温处理，因而没有造成营养损失。结果，香味、口味及颜色等感官性能都得到改善。

通过食品饮料净化车间技术进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。无菌产品已经占领了单包装(250毫升 )果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。

食品饮料净化车间对于有效降低微生物在生产过程中的含量及安全卫生保障至关重要，在原料、加工、制品等方面提高食品的安全性。因此，在进行食品厂净化车间设计与施工时，常规需要达到十万级空气净化标准并且符合以下施工要求。车间的设施选择上来讲，食品饮料净化车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品厂净化车间的墙体和吊顶需采用不产尘、不积尘、表面平滑的材料，注意不要在车间内造成死角，影响洁净效果。同时，在净化区要选择吸顶式净化灯具，实现与彩钢板的密切贴合，有效阻隔灰尘。