福建福州厦门莆田ISO9001质量管理体系认证证书和机构选择应该考虑以下几个方面问题：

1、咨询机构和认证机构是否为当地企业，方面咨询辅导和审核，可以，方便咨询辅导老师对企业进行辅导，也方便企业审核，减少差旅费用。认证是一个长期工作，每年需要年审一次，差旅费费如果过高，对企业也是一种负担。

2、认证机构是否满足企业的申请要求，企业如果需要在短时间内通过认证，取得证书，满足招标要求或是客户要求，需要寻找咨询辅导老师和审核员比较高效的企业，反应快速的企业。

3、咨询机构与审核机构是否长期合作，如果咨询机构与认证机构有长期的合作经验，对认证机构的审核风格比较了解，有助于企业快速通过认证。

4、认证机构要在认证监督管理委员会有备案，（简称“认监委”），有在认监委备案的企业，都是合法的机构。

5、根据企业的需要，选择合适的认证标识，出口企业一般是UKAS或是ANAB标识，其他企业一般是CNAS标识，根据客户需求自行选择。

6、ISO9001认证分为咨询阶段和认证阶段，而且两者是不能同一个机构，更不能是同样的人员，这个好比是教练跟考官是同一个人一样，肯定是不行的。所有，认证和咨询是必须分开的。而且必须是不同的人员进行。

7、我们先来了解一下咨询阶段，也是辅导阶段，企业刚开始执行福建福州厦门莆田ISO9001质量管理体系认证，有些环节可能不是非常清楚，那么他就必须要有队体系比较熟悉的人员来做辅导，这样就需要辅导人员对企业进行辅导，大约在3个月的辅导期过后，企业能独立完成厦门ISO9001认证的各项规定，对体系也比较了解，那么，这个时候就可以申请认证的，而且申请认证的机构跟客户没有什么关系，这样认证机构就会做出公平公正的评判，在评审合格之后，认证机构在将证书颁发给企业。