1、净水用；这是绝大多数芽孢杆菌的使用情况，也是最常见的！枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，能够分解各种有机质，综合净化水环境，改善不良水质。

2. 内服使用；即添加到饲料中给水产动物食用，其实很多很多内服制剂以及饲料中也添加芽孢制剂。可以改善鱼虾蟹的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。主要是靠芽孢杆菌的占位效应，还有就是能够产生有益代谢产物。

水产芽孢杆菌产生的抗菌物质能防治多种植物病害，净化养殖水体环境；产生的氯基氧化酶等，可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度；产生的抗菌物质具有广谱杀菌活性，对与食品有关的多种革兰氏阴性菌和阳性菌均有较强的杀菌作用，且一般具有良好的热稳定性，可用于防止巴氏杀菌后的再污染，还可用于防止热加工食品过程中其他细菌的污染，及食品发酵过程中的杂菌污染。

枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨。

枯草芽孢杆菌改善水质，为单胞藻提供营养，还可使肠道PH及氨浓度降低，净化水质。

在水体中使用枯草芽孢杆菌制剂后，对养殖水体的溶氧和PH无明显影响，但对氨氮、亚硝酸盐和硫化物均有大幅度降低。

在蟹池和鱼池中分别加入枯草芽孢杆菌作为水质改良剂发现，其对池塘氨氮、亚硝酸盐氮和硫化物有明显的降解作用。

最大降解峰值出现在3～4 d，有效时间持续超过7 天。

枯草芽孢杆菌能明显净化水质，降低虾池中的COD、亚硝酸氮和氨氮。

试验表明，只有当枯草芽孢杆菌B115浓度超过1 000 mg／kg时，可能因为菌体耗氧及培养基在水体中的氧化作用导致鱼缺氧而死。

因此，作为水质改良剂可视水质情况每7 d泼洒全池1次，使用后及时开增氧机，以保证达到最好的使用效果。

枯草芽孢杆菌在水产上主要有三方面的用途

1、净化水质。枯草芽孢杆菌可以降低水体中的硝酸盐、亚硝酸盐的含量，分解养殖池中有毒有害物质，净化水质；分解池中残饵、粪便、有机物等，具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用；

2、抑制、杀灭致病菌。在水体或者饲料中添加枯草芽孢杆菌制剂，可以有效抑制或杀灭水体中、养殖生物体内的某些有害致病菌，并且能增强有益菌的菌群，而达到防治水产疾病的目的。芽孢杆菌还可以防止饲料发霉，防止饲料发霉产生黄曲霉毒素；

3、提高饲料转化率。枯草芽孢杆菌可产生多种酶类，饲料中添加枯草芽孢杆菌可以提高鱼虾类消化酶活性，对鱼虾肠道内营养物质消化吸收、饲料利用率有直接促进作用，饲料转化率提高可达8%以上，促进鱼虾生长。

枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开增氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少。使用前最好活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7～10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。