反渗透设备正常运行后，其预处理工艺设计可以大可能地去除原水中带来的污染物质，但并不能全部去除，所以反渗透系统污染现象很普遍。反渗透膜元件会受到给水中可能存在的悬浮物或难溶盐的污染，这些污染中常见的是碳酸钙沉淀、硫酸钙沉淀、金属（铁、锰、铜、镍、铝等）氧化物沉淀、硅沉积物、无机或有机沉积混合物、NOM天然有机物质、合成有机物（如：阻垢剂分散剂，阳离子聚合电解质）、微生物 （藻类、霉菌、真菌）等污染。污染性质和污染速度取决于各种因素，有时候操作失误会造成膜的污染，如回收率太高或加药系统不正常等。通常污染是渐进发展的，如不尽早控制，污染将会在相对较短的时间内损坏膜元件。当膜元件确认已被污染，或是在长期停机使用之前，或是作为定期日常维护，建议对膜元件进行清洗。

反渗透膜污染会导致产水量下降，脱盐率下降，进口与浓水之间的压差升高。反渗透膜清洗使用酸碱药剂（ph2-12条件下），膜清洗药液温度高45。许多污染，特别是粘泥类，随时间积累量增加并被压缩且增厚，这样清洗难度会增加，清洗时间会大大延长。