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无论是80年代初中国协和医科大学硕士研究生的专业教育还是在英国利物浦大学进修而后自 1993 年起连续 3 次获美国性学委员会颁发的性学家资格证书，成为我国大陆获此殊荣的医生，均凸显着马晓年在性医学领域的重要地位，马晓年和各个医院共同合作开展的男女性药物临床研究和性医学临床研究，任务完成后均以论文形式发表于国内杂志上。
著有《现代性医学》、《马大夫谈性健康》、《性的学习》等 50 余种性医学专著和科普书籍，发表了 20 余篇学术论文和 1000 多篇科普文章，曾获卫生部科技进步三等奖和全国优秀科普书籍三等奖，其中《男性学咨询》被收入 20 世纪优秀科普佳作；编讲 30 余部性医学与性教育录象片或光盘；多年来任北京电视台《生命、生育、生活》及北京电台《今夜私语时》长期特邀嘉宾。
马晓年曾参与主持七五攻关项目“准弹性激光光散射精子测量仪”的研制，取得科技成果称号并获1990年全国发明展览会金牌奖；完成部委级科研项目“精子运动特性自动检测系统的临床应用”；完成性教育电脑咨询专家系统（计算机软件）的开发并由国家计生委向全系统推荐。
